Get and set the values in the flag column
Usage
flag(object)
flag(object) <- value
# S4 method for class 'SummarizedExperiment'
flag(object)
# S4 method for class 'SummarizedExperiment'
flag(object) <- value
Arguments
- object
a
SummarizedExperiment
orMetaboSet
object- value
character vector, values for flag column
Value
Character vector of feature flags.
For the endomorphism, an object with a modified flag column.
Examples
data(example_set)
# Get values in flag column of rowData
flag(example_set)
#> [1] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [26] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [51] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [76] NA NA NA NA NA
data(example_set)
# Flag a suspicious feature manually
flag(example_set)[1] <- "Contaminant, known from experience"