Get and set the values in the flag column

Usage

flag(object)

flag(object) <- value

Arguments

object: a SummarizedExperiment object
value: character vector, values for flag column

Value

Character vector of feature flags.

For the endomorphism, an object with a modified flag column.

Examples

data(toy_notame_set)
# Get values in flag column of rowData
flag(toy_notame_set)
#>  [1] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [26] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [51] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [76] NA NA NA NA NA

data(toy_notame_set)
# Flag a suspicious feature manually
flag(toy_notame_set)[1] <- "Contaminant, known from experience"